Yayasan Hidayatun Najah berdiri sejak tahun 1985 berdasarkan Akte Notaris Sugiyanto, SH. Tertanggal 28 September 1985 Nomor 48. Berdirinya Yayasan ini bertujuan untuk menjawab kebutuhan masyarakat di kelurahan Latsari yang saat itu agak kurang dengan pendidikan agama. Maka berdirilah Yayasan Hidayatun Najah  (YADANA) yang beralamat di Jl. Sunan Kalijaga No. 37 (sebelah Kantor Kelurahan Latsari)  atas prakarsa Bapak Imam Syafi’i Kepala Kelurahan saat itu bersama Bapak Mabroeri dan beberapa tokoh masyarakat yang peduli dengan pendidikan Agama. YADANA kemudian menjadi lembaga Sosial dan Dakwah dengan orientasi pada pendidikan Agama jenjang Madrasah Diniyah (MaDin).

Sejak berdiri, yayasan ini cukup eksis selama kurang lebih 15 tahun dalam bentuk pendidikan Diniyah dengan input santri cukup banyak. Namun memasuki kisaran Tahun 2000an perkembangan Madin kurang menggembirakan karena berbagai sebab dan bahkan sempat vakum. Kemudian Pada tahun 2007 awal muncul sebuah gagasan untuk mendirikan pendidikan formal. Maka pada tahun itu juga yaitu pada 1 Juli 2007 berdirilah pendidikan formal tingkat taman Kanak-kanak dengan nama Raudhatul Athfal Hidayatun Najah atas prakarsa:

  1. Zaenal Machalli
  2. Nurchozin, M.Hum.
  3. Drs. Suprapto (Alm)
  4. H. Koeswadi

Pada tahun pertama pendirian RA Hidayatun Najah menerima murid perdana dengan jumlah siswa baru 21 anak, kemudian pada tahun berikutnya menerima 23 siswa baru, Kemudian berlanjut pada tahun 2009/ 2010  menerima 26 siswa, dan pada tahun 2010/ 2011 jumlah pendaftar RA Hidayatun Najah melebihi kapasitas yang ada, sehingga penerimaan siswa baru melalui proses observasi dan menerima siswa 80 siswa, pada T.P. 2011/2012 jumlah total siswa-siswi RA Hidayatun Najah sebanyak 163 anak, T.P. 2012/2013 sebanyak 161 anak, T.P. 2013/2014 sebanyak 193 anak, T.P. 2014/2015 sebanyak 243 anak, T.P. 2015/2016 sebanyak 248 anak, T.P. 2016/2017 sebanyak 238 anak. Alhamdulillah dari tahun ke tahun jumlah siswa-siswi RA Hidayatun Najah semakin meningkat sampai saat ini RA Hidayatun Najah membuka 9 rombel dengan jumlah siswa rata-rata 25-30 anak per kelas. Ini menunjukkan bahwa RA Hidayatun Najah semakin dipercaya masyarakat sekitar maupun dari luar kelurahan Latsari. Namun untuk T.P. 2016-2017 ini menurun muridnya bukan karena peminat yang berkurang melainkan karena Lembaga membatasi penerimaan Jumlah siswa untuk memperoleh keidealan dalam pelaksanaan KBM. Untuk T.P 2017/2018 sebanyak 223 anak, dan untuk T.P 2018/2019 Sebanyak 245 anak. Dalam perjalanannya RA Hidayatun Najah telah mengalami 3 (tiga) kali perpindahan lokasi dimana pada lokasi utama berada di Jl. Sunan Kalijaga No. 37 Tuban (sebelah barat kelurahan Latsari) dan yang kedua di Latsari Gg. I di perempatan jalan dan yang ketiga RA Hidayatun Najah memiliki gedung sendiri dengan status tanah wakaf yang terletak di JL. Sunan kalijaga Gg. Kresna No. 17 B Kelurahan Latsari